La Fondazione San Giuseppe è retta da un Consiglio di Amministrazione composto da sette membri così nominati: due dal Vescovo della diocesi di Rimini, tre dal Comune, uno dalla Fondazione della Cassa di Risparmio di Rimini e uno dalla Contessa Giulia Soleri Cassoli (o suoi discendenti), sorella della ND Isabella Soleri, fondatrice e benefattrice dell'ex Istituto San Giuseppe per l'aiuto materno e infantile.

Al suo interno sono nominati presidente e vicepresidente e consiglieri, i quali hanno vari compiti di raccordo con le strutture educative, riportandone le istanze all'interno del C.d.A.

Presidente	Avv. Paolo Mancuso	Nominato dal Vescovo
Vicepresidente	Prof. Guido Fontana	Nominato dal Comune
Consiglieri	Avv. Davide Arcangeli	Nominato dal Comune
	Prof. Maria Rosa Pasini	Nominato dal Comune
	Arch. Paola Benzi	Nominata dal Vescovo
	Prof.Luciano Chicchi	Nominato dalla Fondazione della Cassa di Risparmio di Rimini
	Prof. Pio Serra	Nominato dagli eredi della ND Isabella Soleri

Direttore	Dr. Francesco Soldati
Responsabile Servizi Amministrativi	Dr. Maurizio Bertozzi
Coordinatore Comunità Educative	Dr.Roberto Vignali
Supervisore Scientifico	Prof. Andrea Canevaro
Responsabile Comunità Via Borgatti	William Zavoli
Responsabile Comunità Via Clementini Semiresidenziale	Cinzia Mascheri
Responsabile Comunità Via Clementini Residenziale	Annalisa Bianchi
Responsabile Comunità F.lli Bronzetti	Stefano Sarti
Responsabile Comunità La Sorgente	Elisabetta Savorelli

In ogni comunità educativa operano dai sette ai nove educatori, in linea con i titoli previsti dalla normativa regionale.

Collaborano inoltre alcune inservienti nelle varie Comunità e obiettori di coscienza in servizio civile, con compiti di supporto agli operatori e socializzazione con i ragazzi.